AP-mjesto

U biohemiji i molekulskoj genetici, AP-mjesto (apurinsko/apirimidinsko mjesto), također poznato kao abazno mjesto, je lokacija u DNK (takođe u RNK, ali mnogo manje vjerovatno) koja nema ni purinsku ni pirimidinsku bazu, bilo spontano ili zbog oštećenja DNK . Procijenjeno je da se u fiziološkim uvjetima u ćeliji dnevno može stvoriti 10.000 apurinskih mjesta i 500 apirimidinskih.^[1][2]

AP-mjesta se mogu formirati spontanim depurinacijama, ali se mogu pojaviti i kao intermedijari u baznom ekscizijskom popravku.^[3] U ovom procesu, DNK-glikozilaza prepoznaje oštećenu bazu i cijepa N-glikozidnu vezu kako bi oslobodila bazu, ostavljajući AP-mjesto. Postoje razne glikozilaze koje prepoznaju različite tipove oštećenja, uključujući oksidirane ili metilirane baze, ili uracil u DNK. AP mjesto se zatim može otcijepiti pomoću AP-endonukleaze, ostavljajući 3'-hidroksil i dezoksiriboza-5-fosfatne krajeve (vidi struktura DNK). Na alternativni način, bifunkcionalne glikozilaze-lijaze mogu cijepati AP-mjesto, ostavljajući 5' fosfat uz 3' α,β-nezasićeni aldehid. Oba mehanizma formiraju jednolančani prekid, koji se zatim popravlja bilo kratkom ili dugom popravkom bazne ekscizije.^[4]

Ako se ne poprave, AP-mjesta mogu dovesti do mutacija tokom polukonzervativne replikacije. Oni mogu uzrokovati zastoj replikacijskih viljuški i zaobilaze se pomoću translezijske sinteze. U E. coli, adenin se prvenstveno ubacuje preko AP-mjesta, poznato kao "pravilo A". Situacija je složenija kod viših eukariota, s različitim nukleotidima koji pokazuju preferenciju u zavisnosti od organizma i eksperimentalnih uslova.^[3]

1. ^ Tropp, Burton (2012). Molecular Biology. Sudbury, MA: Jones & Bartlett Learning. str. 455. ISBN 978-1-4496-0091-4.
2. ^ Borlé, Myriam (1987). "Formation, detection, and repair of AP sites". Mutation Research. 181 (1): 45–56. doi:10.1016/0027-5107(87)90286-7. PMID 2444877.
3. ^ ^{a b} Abasic sites in DNA: repair and biological consequences in Saccharomyces cerevisiae. DNA Repair (Amst). 2004 Jan 5;3(1):1-12.
4. ^ Lindhal, Tomas (1993). "Instability and decay of the primary structure of DNA". Nature. 362 (6422): 709–715. Bibcode:1993Natur.362..709L. doi:10.1038/362709a0. PMID 8469282. S2CID 4283694.