Alternativna prerada RNK

Alternativna prerada RNK ili alternativni splajsing (ili diferencijalna prerada) je proces kojim se egzoni RNK, nakon transkripcije gena (primarni genski transkript ili pre-iRNK) ponovno spajaju na više načina tokom njene prerade. Rezultujuće različite molekule iRNK mogu biti prevedene u različite proteinske izoforme; tako jedan gen može kodirati više proteina.^[1].

Alternativna prerada se javlja kao normalna pojava kod eukariotskih organizama, gdje to znatno povećava raznolikost proteina koji mogu biti kodirani istim genomom.^[1]. Kod ljudi preko 80% gena su alternativno splajsovani^[2]. Zabilježeni su brojni modovi alternativne prerade, od kojih je najčešći preskakanje egzona. U tom modu, pojedini egzoni mogu biti uključenu u iRNK, pod određenim uvjetima ili u pojedinim tkivima, a izostavljeni iz iRNK u drugim modovima.

Proizvodnja alternativno prerađenih molekula iRNK je regulirana sistemom trans-delujućih proteina koji se vežu za cis-delujuća mjesta na samim pre-iRNK molekulama. Takvi proteini obuhvataju aktivatore prerade, koji podstiču upotrebu njenog određenog mjesta, kao i represore prerade RNK, koji umanjuju upotrebu pojedinih mjesta. Mehanizmi alternativne prerade su visoko varijabilni, a novi primjeri se konstantno otkrivaju, posebno upotrebom visokoprotonskih tehnika. Istraživači se nadaju da će vremenom regulatorni sistem prerade iRNK biti u potpunosti poznat, tako da će postati moguće predvidjeti i proizvode alternativne prerade pod datim uslovima, upotrebom „splajsnog koda“^[2][3].

Abnormalne varijacije u preradi mogući su uzrok mnogih bolesti. Veliki dio ljudskih nasljednih bolesti i mahana je posljedica neodgovarajućih varijanti prerade.^[2]. Za abnormalne splajsne varijante se takođe smatra da doprinose razvoju raka^[4][5][6][7].

1. ^ ^{a b} Black, Douglas L. (2003). "Mechanisms of alternative pre-messenger RNA splicing". Annual Reviews of Biochemistry. 72 (1): 291–336. doi:10.1146/annurev.biochem.72.121801.161720. PMID 12626338.
2. ^ ^{a b c} Matlin, AJ (2010). "Understanding alternative splicing: towards a cellular code". Nature Reviews. 6 (5): 386–398. doi:10.1038/nrm1645. PMID 15956978. Navedeno je više parametara author-name-list parameters (pomoć)
3. ^ David CJ, Manley JL (2008). "The search for alternative splicing regulators: new approaches offer a path to a splicing code". Genes & Development. 22 (3): 279–85. doi:10.1101/gad.1643108. PMC 2731647. PMID 18245441.
4. ^ Skotheim and Nees (2007). "Alternative splicing in cancer: noise, functional, or systematic?".
5. ^ He C, Zhou F, Zuo Z, Cheng H, Zhou R (2009). "A global view of cancer-specific transcript variants by subtractive transcriptome-wide analysis". Plos One. 4 (3): e4732. doi:10.1371/journal.pone.0004732. PMC 2648985. PMID 19266097.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
6. ^ Fackenthal, Jd; Godley, La (2008). "Aberrant RNA splicing and its functional consequences in cancer cells". Disease models & mechanisms. 1 (1): 37–42. doi:10.1242/dmm.000331. ISSN 1754-8403. PMC 2561970. PMID 19048051. Arhivirano s originala (Free full text), 13. 3. 2021. Pristupljeno 12. 3. 2021.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)
7. ^ Valletti A, Anselmo A, Mangiulli M, Boria I, Mignone F, Merla G, D'Angelo V, Tullo A, Sbisà E, D'Erchia AM, Pesole G (2010). "Identification of tumor-associated cassette exons in human cancer through EST-based computational prediction and experimental validation". Molecular Cancer. 9: 230. doi:10.1186/1476-4598-9-230. PMC 2941758. PMID 20813049.CS1 održavanje: više imena: authors list (link)