Farmakopeja ili farmakopoeja (doslovno, spravljanje lijekova), u svom modernom tehničkom smislu, je knjiga koja sadrži uputstva za identifikaciju medicinskih spojeva, koju se objavljulje sa autoritetom vlade ili medicinskih ili farmaceutskih društava.
Opisi pripremanja se zovu monografije. U širem smislu, to je referentni rad za specifikaciju farmaceutskih lijekova.