Makroevolucija je evolucija na razini odvojenih genskih fondova. Makroevolucijske studije se fokusiraju na promjene koja se javljaju na ili iznad nivoa vrste, za razliku od mikroevolucije,[1] koja se odnosi na manje evolucijske promjene, koje se ispoljavaju u promjenama relativne frekvencije gena, odnosno genetičke strukture populacije u ukviru iste vrste organizama. Makroevolucija i mikroevolucija suštinski opisuju iste procese na različitim razinama.[2][3][4][5]
Proces specijacije može se odvijati različitom brzinom, u zavisnosti od snage djelovanja evolucijskih činilaca. Paleontologija, evolucijska razvojna biologija, komparativna genomika i genomska filostratigrafija doprinose većini objašnjenja obrazaca i procesa koji mogu usmjeravati makroevoluciju. Primjer makroevolucije je pojava perja tokom evolucije ptica iz teropodnih dinosaurusa.
Evolucijski tok porodice Equidae (široke porodice, uključujući sve konje i srodne životinje) se često gleda kao tipičan primjer makroevolucije. Najraniji poznati rod, Hyracotherium (reklasificirani kao Palaeotherium), bio je biljojedna životinja nalik na psa, koja je živila u ranom Kenozoiku. Kako je svoje stanište, nakon prorjeđivanja šuma, nalazio u otvorenu sušnim travnjacima, selekcijski pritisak je djelovao u pravcu da životinja postane brzi trkač. Tako je istezanje nogu i glave, kao i smanjenje broja prstiju postupno proizvelo jedini postojeći takson konja, Equus.