Metabolomika (grč. μεταβολή - metabolon = promjena + νόμος - nómos = pravilo, set zakona) je nauka o hemikskim proceima koji su uključeni u metaboliti. Naime, metabolomika je "sistematsko proučavanje jedinstvenih hemijskih otisaka prstiju koje specifični ćelijski procesi ostavljaju iza sebe", proučavanje malih molekula metabolitskih profila.[1]
Metabolom predstavlja kolekciju svih metabiolita u ćeliji, tkivu, organima i organizmu koji su krajnji proizvodi ćelijskih procesa.[2]
Pritom iRNK podaci o ekspresiji gena proteomske analize otkrivaju niz genskih proizvoda koji nastaju u ćeliji, podaci koji predstavljaju jedan aspekt mobilnih funkcijea. Nasuprot tome, metaboličko profiliranje može snimak dati trenutne fiziologije te ćelije. Jedan od izazova biologije sistema i funkcijske genomike je da se integriraju informacije iz analiza u oblasti proteomike, transkriptomske i metabolita za bolje razumijevanje mobilne biologije.