Neutralne mutacije su promjene u sekvenci DNK koje nisu ni korisne ni štetne za sposobnost organizma da preživi i razmnoži se. U populacijskoj genetici, mutacije u kojima prirodna selekcija ne utiče na širenje mutacije u vrstama nazivaju se neutralne mutacije. Neutralne mutacije koje su nasljedne i nisu povezane s bilo kojim genima koji se selektiraju ili će biti izgubljene ili će zamijeniti sve ostale gensle alele. Ovaj gubitak ili fiksacija gena nastaje na osnovu formiranja slučajnog uzorka poznatog kao genetički drift. Neutralna mutacija koja je u neravnotežnoj povezanosti s drugim alelima koji su u selekciji može se izgubiti ili fiksirati putem genetičkog autostopiranja i/ili pozadine tekuće selekcije.
Iako mnoge mutacije u genomu mogu smanjiti sposobnost organizama da prežive i razmnožavaju se, poznate i kao fitnes, ove mutacije su selektirane i ne prenose se na buduće generacije. Mutacije koje se najčešće primjećuju kao varijacije u genetičkom sastavu organizama i populacija čini se da nemaju vidljiv učinak na tjelesnu spremnost individua i stoga su neutralne. Identifikacija i proučavanje neutralnih mutacija doveli su do razvoja teorije neutralnosti u molekularnoj evoluciji. Ta teorija važna je i često kontroverzna teorija koja sugerira da je većina molekularnih varijacija unutar i među vrstama u osnovi neutralna i na njih se ne djeluje selekcijom. Neutralne mutacije su također osnova korištenja molekularnih satova za identificiranje takvih evolucijskih događaja kao specijacija i adaptivna ili evolucijska radijacija.