Otpornost na biljne bolesti štiti biljke od patogena na dva načina:
U odnosu na osjetljivu biljku, otpornost na bolest smanjenje rast patogena na biljci ili u njoj (a time i smanjenje bolesti), dok termin tolerancija na bolesti opisuje biljke koje pokazuju malo oštećenja od bolesti, uprkos značajnim nivoima patogena. Ishod bolesti određuje se trosmjernom interakcijom patogena, biljke i okruženja (interakcija poznata kao "trougao bolesti").
Spojevi koji aktiviraju odbranu mogu se kretati iz jedne u drugu ćeliju i sistemski, kroz vaskularni sistem biljke. Međutim, biljke nemaju cirkulirajuće imunske ćekije, tako da većina tipova ćelija ima široku skupinu antimikrobnih odbrambenih peptida. Očigledne su „kvalitativne“ razlike u otpornosti na bolest koje se mogu primijetiti kada se upoređuju više uzoraka (omogućujući klasifikaciju kao „otporni“ ili „osjetljivi“ nakon infekcije istim sojem patogena na sličnim razinama inokuluma u sličnim okruženjima). Gradacije 'kvantitativnih' razlika u otpornosti na bolest se češće se primjećuju između nego unutar biljnih sorti ili genotipova. Biljke se odupiru određenim patogenima, ali podlegnu drugima; otpornost je obično specifična za određene vrste patogena ili sojeve patogena.