Poravnavanje sekvenci ili potravnjanje sekvenci, u bioinformatici, je obrazac raspoređivanja sekvenci DNK, RNK, ili proteina, u cilju identifikacije sličnih regija koje mogu biti posljedica funkcijskih, strukturnih, ili evolucijskih odnosa između sekvenci.[1] Poravnate sekvence nukleotida ili aminokiselina se tipski prikazuju kao redovi u matrici. Praznine se umeću između ostataka, tako da se identična ili slična slova poravnavaju u uzastopnim kolonama.
Poravnavanje sekvenci se isto tako koristi za sekvence koje nisu biološke prirode, kao što su sekvence u prirodnim jezicima ili u financijskim podacima.