Proteinski kompleks ili multiproteinski kompleks je grupa od dva ili više povezanih polipeptidnih lanaca, u kojem se višestruki katalitski domeni nalaze u jednom od polipeptidnih lanaca. Različiti polipeptidni lanci mogu imati različite funkcije. Ovo se razlikuje od multienzimskog lanca.[1]
Proteinski kompleksi su oblik kvaternarne strukture. Proteini u proteinskom kompleksu povezani su nekovalentnim interakcijama protein-protein, a različiti proteinski kompleksi imaju različit stupanj stabilnosti tokom vremena. Ovi kompleksi su temelj mnogih (ako ne i većine) bioloških procesa i zajedno čine različite tipove molekulskih mašina, koje izvršavaju širok spektar bioloških funkcija. Čini se da se ćelija sastoji od modularnih supramolekulskih kompleksa, od kojih svaki obavlja neovisnu, diskretnu biološku funkciju.[2]
Zahvaljujući blizini, brzini i selektivnosti interakcija vezanja između enzimskog kompleksa i supstrata, mogu se znatno poboljšati, što dovodi do veće ćelijske efikasnosti. Mnoge tehnike koje se koriste za razbijanje otvorenih ćelija i izolaciju proteina same po sebi remete tako velike komplekse, pa je često teško odrediti njihove komponente. Primjeri proteinskih kompleksa uključuju proteasom za molekulsku razgradnju i većinu RNK-polimeraza. U stabilnim kompleksima, velike hidrofobne veze između proteina obično zatrpavaju površine veće od 2.500 kvadratnih Å.[3]