Geni koji su transkribovani pomoću RNK Pol III spadaju u kategoriju "domaćinskih gena" čija je ekspresija potrebna u svim tipovima ćelija i većini uslova okoline. Stoga je regulacija transkripcije Pol III prvenstveno vezana za regulaciju ćelijskog rasta i ćelijskog ciklusa, što zahtijeva manje regulatornih proteina nego RNK-polimeraza II. Međutim, u uslovima stresa, protein Maf1 potiskuje aktivaciju Pol III.[1]Rapamicin je još jedan inhibitor Pol III preko svog direktnog ciljanog TOR-a.[2]