Sekundarna struktura proteina je trodimenzijska oblik lokalnnih segmenata proteina. Dva najčešća sekundarna strukturna elementa su alfa heliksi i beta listovi, mada se pojavljuju i P-listovi i omega petlja. Elementi sekundarne strukture obično se spontano formiraju kao intermedijar prije nego što se protein preklopi u njegovu trodimenziijsku tercijarnu strukturu.
Sekundarna struktura formalno je definirana uzorkom vodikovih veza između amino vodika i karboksil atoma kisika u peptidu kičmenog lanca. Sekundarna struktura može se alternativno definirati na temelju pravilnog obrasca njegovih dvokrakih uglova u određenom području Ramachandranovog plota bez obzira da li ima ispravne vodikove veze. Koncept sekundarne strukture prvi je uveo Kaj Ulrik Linderstrøm-Lang u Stanfordu 1952.[1][2] Ostali tipovi biopolimera kao što je nukleinska kiselina također imaju karakteristike sekundarnih struktura
He had already introduced the concepts of the primary, secondary, and tertiary structure of proteins in the third Lane Lecture (Linderstram-Lang, 1952)