Svegenomska studija asocijacije

U genomici, svegenomska studija asocijacije ili studija asocijacije širom genoma (GWA studija ili GWAS), poznata i kao cjelogenomska studija pridruživanja, je opservacijska studija skupa genoma za cjelovite genetičke varijante kod različitih jedinki, kako bi se provjerilo je li neka varijanta povezana sa osobinom. GWA-studije se obično fokusiraju na povezanost jednonukleotidnih polimorfizama (SNP) i osobina poput velikih ljudskih bolesti, ali se jednako mogu primijeniti na bilo koje druge genetičke varijante i bilo koje druge organizme.

Kada se primijene na podatke o ljudima, GWA studije porede DNK sudionika s različitim fenotipom za određenu osobinu ili bolest. Ti sudionici mogu biti osobe s bolešću (slučajevi) i slične osobe bez bolesti (kontrole), ili mogu biti ljudi s različitim fenotipovima za određenu osobinu, naprimjer krvni pritisak. Ovaj pristup je poznat kao prvi s fenotipom, u kojem se sudionici prvo klasificiraju prema kliničkim manifestacijama, za razliku od pristupa prvi genotip. Svaka osoba daje uzorak DNK iz kojeg se čitaju milioni jednonukleotidnih polimorfizama , odnosno genetićke varijante pomoću sekvenciSNP-ova. Ako je jedan tip varijante (jedan alel) češći u ljudi s bolešću, kaže se da je varijanta „povezana“ s bolešću. Smatra se da povezani SNP-ovi označavaju područje ljudskog genoma koje može uticati na rizik od bolesti.

GWA studije istražuju cijeli genom, za razliku od metoda koji posebno testiraju mali broj unaprijed određenih genetičkih regija. Dakle, GWAS je pristup koji nije vođen kandidatima, za razliku od genetički specifične studije zasnovane na kandidatima. GWA studije identificiraju SNP-ove i druge varijante u DNK povezane s bolešću, ali ne mogu same odrediti koji su geni uzročni.^[2][3][4]

Prvi uspješni GWAS objavljen 2002. godine proučavao je infarkt miokarda.^[5] Ovaj dizajn studije zatim je implementiran u značajnu studiju GWA 2005. koja je istraživala pacijente sa starosnom makulskom degeneracijom i pronašao je dva SNP-a sa značajno izmijenjenom učestalosti alela u poređenju sa zdravim kontrolnim osobama.^[6] Od 2017., više od 3.000 GWA studija na ljudima ispitalo je preko 1.800 bolesti i osobina, a pronađeno je na hiljade pridruženih SNP.^[7] Osim u slučaju rijetkih nasljednih bolesti, ove asocijacije su vrlo slabe, ali iako ne mogu objasniti veliki rizik, pružaju uvid u gene i puteve koji mogu biti važni.

1. ^ Greška kod citiranja: Nevaljana oznaka <ref>; nije naveden tekst za reference s imenom Ikram_2010
2. ^ Manolio TA (juli 2010). "Genomewide association studies and assessment of the risk of disease". The New England Journal of Medicine. 363 (2): 166–76. doi:10.1056/NEJMra0905980. PMID 20647212.
3. ^ Pearson TA, Manolio TA (mart 2008). "How to interpret a genome-wide association study". JAMA. 299 (11): 1335–44. doi:10.1001/jama.299.11.1335. PMID 18349094.
4. ^ "Genome-Wide Association Studies". National Human Genome Research Institute.
5. ^ Ozaki K, Ohnishi Y, Iida A, Sekine A, Yamada R, Tsunoda T, et al. (decembar 2002). "Functional SNPs in the lymphotoxin-alpha gene that are associated with susceptibility to myocardial infarction". Nature Genetics. 32 (4): 650–4. doi:10.1038/ng1047. PMID 12426569. S2CID 21414260.
6. ^ Klein RJ, Zeiss C, Chew EY, Tsai JY, Sackler RS, Haynes C, et al. (april 2005). "Complement factor H polymorphism in age-related macular degeneration". Science. 308 (5720): 385–9. Bibcode:2005Sci...308..385K. doi:10.1126/science.1109557. PMC 1512523. PMID 15761122.
7. ^ "GWAS Catalog: The NHGRI-EBI Catalog of published genome-wide association studies". European Molecular Biology Laboratory. European Molecular Biology Laboratory. Pristupljeno 18. 4. 2017.