La Cinquena legistatura de les Illes Balears fou la cinquena legislatura autonòmica de les Illes Balears i va abastar el període de 4 anys entre 1999 i 2003. La sessió constitutiva se celebrà el 12 de juliol de 1999, en què Antoni Diéguez Seguí del Partit Socialista fou elegit President del Parlament. El dia 23 de juliol, Francesc Antich Oliver del Partit Socialista fou elegit President del Govern amb 31 vots a favor i 28 en contra.[1]