Una flota pesquera és un agregat de vaixells de pesca comercial. Aquest terme pot ser emprat per referir-se a tots els vaixells que operen en un port determinat, tots els vaixells que duen a terme una operació de pesca conjunta (com ara en la pesca de la tonyina), o simplement tots els vaixells pesquers d'un país o regió.
Encara que els vaixells de pesca no estan formalment organitzats com ho estan els d'una flota naval, molt sovint les limitacions del temps (en els ambdós sentits de la paraula) són tals que les embarcacions es veuen obligades a navegar juntes per sortir o tornar a un port, creant així com a mínim una aparença de cos organitzat (alguns països, com ara l'antiga Unió Soviètica, no obstant això, van organitzar realment les seves flotes pesqueres segons models navals i les van incloure al servei d'intel·ligència naval.[1])
Pescadors que treballen amb el mateix tipus d'embarcació o en un port determinat sovint pertanyen a una associació local que distribueix informació i que pot servir per coordinar activitats, sobretot pel que fa a prevenir la sobrepesca en algunes àrees concretes.