Les toxines microbianes són toxines produïdes per microorganismes, incloent-hi bacteris, virus i fongs. Les toxines microbianes són determinants importants per la virulència responsable de la patogènesi microbiana o evasió de la resposta immunitària de l'hoste. Algunes toxines bacterianes, com són les botulíniques, són les més potents toxines naturals conegudes. Tanmateix, les toxines microbianes també tenen importància en la recerca científica mèdica.[1][2]