Alignment (někdy ekvivalentně sekvenční alignment) je základní bioinformatický nástroj, spočívající v seřazení dvou i více sekvencí DNA, RNA nebo proteinu pod sebe tak, aby odpovídající si nukleotidové báze či aminokyselinové zbytky ležely pod sebou. Pro krátké a/nebo velmi podobné sekvence je možné vytvořit alignment ručně, alignment delších a méně podobných sekvencí je obvykle vytvářen počítačem za použití specializovaných algoritmů. Cílem alignmentu je nalézt ve srovnávaných sekvencích podobné úseky, které mohou poukazovat na jejich sekvenční, strukturní či funkční příbuznost.