Aloimunita je imunitní odpověď organismu na antigeny cizí tkáně (aloantigeny). Jedná se především o tkáň transplantovanou, v některých případech však může být napadán imunitním systémem i plod. Výsledkem aloimunitní reakce je rejekce štěpu, jež se projevuje zhoršením až ztrátou jeho funkce.
Příčinou vzniku aloimunity je rozdílnost v produktech polymorfních genů, především MHC komplexu, mezi dárcem a příjemcem štěpu. Ty jsou rozpoznávány příjemcovými T-lymfocyty a jinými mononukleárními leukocyty, které štěp infiltrují a poškozují.