Izoenzymy (též izozymy) jsou enzymy z jednoho organismu, které katalyzují stejnou reakci, ale mají odlišnou strukturu. Jednotlivé izoenzymy se od sebe dají rozlišit různými separačními metodami (např. elektroforézou), imunochemickými metodami nebo za použití některých dalších technik.
Izoenzymy sice katalyzují tutéž reakci, mohou se však lišit v reakční kinetice. Možná odlišná struktura izoenzymů se projeví i v rozdílné citlivosti jednotlivých izoenzymů k podmínkám - např. teplota, pH, iontová síla, citlivost k denaturaci, odolnost vůči katalytickým jedům.
V medicíně mají velký význam především ty enzymy, jejichž izoenzymy jsou orgánově, tkáňově či subcelulárně specifické. Stanovení katalytické aktivity příslušného izoenzymu např. v krvi (resp. s plazmě) lze usuzovat na poškození nebo poruchu konkrétní části těla.
Od roku 1966, kdy byla zjištěna vnitropopulační variabilita isoenzymů, se stala elektroforetická analýza též nástrojem ke studiu populační genetiky.[1]