Přírodní yttrium (39Y) se skládá z jediného stabilního izotopu, 89Y. Yttrium tedy patří mezi monoizotopické prvky. Bylo také popsáno 33 radioizotopů, s nukleonovými čísly 76 až 109, a 27 jaderných izomerů tohoto prvku. Nejstabilnější radioizotopy jsou 88Y (poločas přeměny 106,626 dne), 91Y (58,51 dne), 87Y (79,8 hodin) a 90Y (64,053 h). Všechny ostatní mají poločasy kratší než 15 hodin, většina pod 31 sekund. Radioizotopy s nukleonovým číslem 88 a nižším se většinou přeměňují beta plus přeměnou na izotopy stroncia, zatímco u 90Y a těžších radioizotopů převažuje přeměna beta minus na zirkonium.[1]