Malakologie je nauka o měkkýších.
Část malakologie zaměřená pouze na schránky měkkýšů je konchologie. Část zaměřená pouze na hlavonožce je teuthologie (anglicky teuthology).
Malakologický výzkum zahrnuje také obory jako je taxonomie, ekologie a evoluční biologie.
Aplikovaná malakologie je zaměřena na medicínské a veterinární využití neboť měkkýši mohou přenášet různé nemoci, např. schitosomiázu. Aplikovaná malakologie v zemědělství se zaměřuje na ochranu před škodlivými plži a méně také chov měkkýšů jako potravy (chov ústřic, helikultura – chov hlemýždů).
Zachovalé schránky měkkýšů umožňují širší využití malakologie v archeologii k porozumění vývoje klimatu, vývoje oblasti v minulosti a využití lokality v minulosti. Výskyt fosilních, subfosilních i živých měkkýšů je využíván také v ochraně přírody.