Dechreuodd ymchwiliad gan heddlu Palm Beach, Fflorida, yn 2005 wedi i Epstein gael ei gyhuddo o gyffwrdd merch 14 oed mewn modd rhywiol. Fe blediodd yn euog ac yn 2008 fe'i dyfarnwyd yn euog gan lys taleithiol yn Fflorida o lithio putain ac o gaffael merch dan 18 oed i buteinio. Yn sgil bargen ei ble, bwriodd 13 mis dan glo gyda chaniatâd i adael y ddalfa i weithio. Cydnabuwyd 36 o ferched, yr ieuangaf ohonynt yn 14 oed, yn ddioddefwyr yn ôl yr awdurdodau ffederal.[4][5] Yn ogystal, mae Epstein wedi ei gyhuddo gan nifer o unigolion o ddal menywod a merched dan oed yn gaethweision rhyw.[6]
Arestiwyd Epstein unwaith eto ar 6 Gorffennaf 2019 ar gyhuddiadau ffederal o fasnachu plant dan oed am ryw yn nhaleithiau Fflorida ac Efrog Newydd.[7][8]
Bu farw ar 10 Awst 2019, wedi crogi ei hunan yn ei gell mewn carchar ym Manhattan, yn ôl y sôn.[9][10][11] Tair wythnos ynghynt, cafwyd hyd i Epstein yn anymwybodol yn y ddalfa gydag anafiadau i'w wddf, a phenderfynwyd ei wylio'n gyson am chwe diwrnod i atal hunanladdiad. Daeth y cyfnod hwnnw o wyliadwriaeth i ben deuddeng niwrnod cyn ei farwolaeth.[12] Wedi awtopsi ar 11 Awst, datganodd swyddfa archwiliwr meddygol Dinas Efrog Newydd bod angen rhagor o wybodaeth cyn pennu achos y farwolaeth, ond hunanladdiad ydy'r rhagdybiaeth.[13] Mynegodd nifer o bobl ddrwgdybiaeth o'r stori honno, a bu ymchwiliad ffederal ar y gweill i farwolaeth Epstein.[14][15]
Ar 19 Tachwedd 2019 cyhuddwyd y gwarchodwyr carchar Michael Thomas a Tova Noel, gan erlynwyr ffederal yn Efrog Newydd, o ffugio cofnodion a chynllwynio. Roedd recordiad fideo o'r carchar yn datgelu fod Epstein wedi bod yn ei gell am wyth awr heb neb yn ei wylio, yn groes i reolau, cyn cael ei ganfod yn farw.[16][17][18]