Gamborg Fjord er en fjord der fra Fænøsund i Lillebælt danner sydkysten af den vestligste del af Fyn, sydøst for Middelfart, og mod sydvest afgrænses af halvøen Fønsskov. Den er en del af EU-habitatområdet Lillebælt, og er dermed et internationalt beskyttet fuglereservat.
I Gamborg Fjord blev der drevet marsvinefangst, organiseret af et priviligeret laug i Middelfart, hvis historie går tilbage til 1593, bestående af 30 mand fordelt på 10 både; Der var tale om en betydelig fangst på omkring 4.000 dyr om året. Det forgik især foregik omkring den lille ø Svinø, der ligger i den nordlige del af fjorden, og nu er forbundet med Fyn ved to dæmninger. I slutningen af 1800-tallet blev der indført petroleum til belysning, og priserne på tran fra hvaler dalede, og i 1892 standsede man jagten, og lauget blev ophævet i 1896. Under 1. og 2. verdenskrig blev fangsten dog genoptaget, men i noget mindre omfang.[1]
For enden af fjorden, adskilt af en dæmning ligger vådområdeprojektet Føns Vang blev oprettet i 2006. Det har et areal på 113 ha , hvoraf de ca. 102 ha er åbent vand, med et meget rigt fugleliv. [2]
Den nordlige sidearm kaldes Ellebæk Vig.