Macon County er et county i den sydvestlige del af delstaten North Carolina i USA. Ved folketællingen i 2010 var befolkningstallet 33.922.[1] Det administrative centrum (county seat) er Franklin.
Macon County er sammen med Swain County hjemsted for Nantahala River, som er et af USA's mest populære steder at dyrke whitewater rafting.[2]