Mikrobiom eller mikrobiota betegner det økologiske samfund af mikroorganismer, der deler en organismes indre og ydre rum. For menneskekroppens vedkommende kan det populært udtrykkes som: Alle de kræ, der kalder din krop for sit hjem.[1] Fra introduktionen af udtrykket betegnede mikrobiom helheden af mikroorganismer, der residerer i og på en organismes. Det gælder både kommensaler (mikroorganismer, der ikke skader eller påvirker værten), symbiotiske mikroorganismer (mikroorganismer, der er til gavn for værten) og patogene mikroorganismer (mikroorganismer, der skader værten). Undertiden skelnes mellem mikrobiom og mikrobiota, således at mikrobiom begrænses til det samlede genom af alle kroppens mikroorganismer.
Menneskets mikrobiom består af alle mikroorganismer, både protister, bakterier og svampe, der befinder sig på og i kroppen..[2]
Menneskets krop rummer mere end ti gange så mange mikrobielle celler som menneskeceller, skønt det totale mikrobiom kun skønnes at veje mellem 200 og 1.400 gram, og det samlede mikrobiom indeholder mindst 100 gange så mange gener som det humane genom.[3]
Mikrobiomets betydning for menneskets sundhed blev først almindeligt anerkendt i slutningen af 1990'erne med introduktionen af moderne, hurtige DNA-metoder.[4]
Mange andre miljøer end menneskekroppen undersøges nu[hvornår?] med hensyn til mikrobiomer, f.eks. insekter, jord, havvand og ferskvand.