Shinjuku Station (新宿駅 Shinjuku-eki) er en betydningsfuld jernbanestation i Shinjuku og Shibuya distrikterne i Tokyo.
Stationen fungerer som trafikknudepunkt for jernbanetrafik mellem Tokyos specielle bydistrikter og det vestlige Tokyo på intercity, nærbaner og undergrundsbanelinjer. I gennemsnit bruges stationen af 3,64 mio. passagerer om dagen (2007), hvilket gør det til verdens klart travleste trafikknudepunkt (hvilket stationen er registreret som i Guinness Rekordbog). Stationen har 36 platforme. Inklusive en underjordisk arkade og der er over 200 udgange.