Transskriptionsfaktorer, ofte skrevet transkriptionsfaktorer, er proteiner, der har en overordnet rolle i organismens liv ved at sikre, at de rigtige gener er udtrykt i den rigtige celle på det rigtige tidspunkt og i den rigtige mængde - igennem hele livet. I molekylærbiologiske termer er en transskriptionsfaktor et sekvens-specifikt DNA-bindende protein, der regulerer omskrivningen (transskriptionen) af den genetiske information fra DNA til messenger-RNA. Reguleringen sker ved at en transskriptionsfaktor binder sig specifikt til en bestemt DNA-sekvens for derved at starte processer, der tænder eller slukker for gen-ekspressionen og derved bestemmer detailniveauet af proteinbiosyntesen. De fleste af cellens signalveje har en transskriptionsfaktor som slutpunkt.
Det menneskelige genom koder for omkring 2600 proteiner med et DNA-bindende domæne, hvoraf langt de fleste tænkes at være transskriptionsfaktorer. Det er mere end 10% af alle 20.344 af menneskets protein-kodende gener, og transskriptionsfaktorerne er dermed en af de største familier af proteiner, som kendes.
Man kender transskriptionsfaktorer, der virker alene, og transskriptionsfaktorer, der virker sammen med andre transskriptionsfaktorer eller andre proteiner for at fremme (som en aktivator) eller blokere (som en repressor) bindingen af RNA-polymerase til specifikke gener. Mange gener viser sig at være flankeret af flere bindingssteder for transskriptionsfaktorer (responselementer), hvor en effektiv transskription kræver samvirke af flere transskriptionsfaktorer.