Universitetet i Franeker 1585-1811 var et universitet i Franeker i vest-frisland (nu en del af Nederlandene). Det var det næstældste universitet i Nederlandende, grundlagt kort efter Universitetet i Leiden.
I begyndelsen havde universitetet et godt ry og tiltrak studerende langvejs fra. Universitetet blev nedlagt af Napoleon i 1811.
Blandt andre har danske Jesper Rasmussen Brochmand forelæst i Franeker.