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Die Saison 2006/07 war die zweite Spielzeit der A-League. Die Saison begann am 25. August 2006 mit der Begegnung Melbourne Victory gegen Adelaide United und endete mit derselben Paarung im Meisterschaftsfinale am 18. Februar 2007. Melbourne wurde durch einen 6:0-Kantersieg Nachfolger des Vorjahresmeister Sydney FC.
Es war die letzte Saison für die New Zealand Knights, denen der australische Verband im Dezember 2005 die Lizenz entzog. Die Knights beendeten die Spielzeit unter der kommissarischen Führung durch den neuseeländischen Fußballverband und wurden anschließend aufgelöst.