Der Fluss verläuft stark mäandrierend in südöstlicher und später östlicher Richtung durch die Provinzen Saskatchewan und Manitoba. Der Fluss entspringt im Osten Saskatchewans und mündet bei Winnipeg in den Red River of the North. Bei Shellmouth in Manitoba wird der Fluss seit 1967 durch den Shellmouth Dam gestaut, wodurch der Wasserstand des Flusses kontrolliert wird. Bei Portage la Prairie wird seit 1970 ein Teil des Flusswassers zum Lake Manitoba abgeleitet. Der Name des Flusses kommt von den AssiniboineFirst Nations.
Das Einzugsgebiet des Assiniboine River beträgt 182.000 km², davon 21.400 km² in den USA.[1]