Am 27. Februar 2020 wurde in Tallinn der erste Fall bestätigt.[3] Bis zum 11. März wurde bei 15 Personen das Virus diagnostiziert, die sich vor allem in Italien angesteckt hatten.[4][5] Am 12. März traten die ersten Fälle von lokal übertragenen Infektionen auf;[6] am 13. März rief die Regierung den Notstand bis zum 1. Mai 2020 aus. In der Folge wurden alle Schulen und Universitäten geschlossen und alle öffentlichen Versammlungen, einschließlich Sport- und Kulturveranstaltungen, verboten.[7]
Der Landkreis Saare ist der am stärksten von der COVID-19 betroffene Landkreis Estlands – er hat nur 2,5 % der Bevölkerung Estlands, aber mehr als die Hälfte aller hospitalisierten Patienten.[8] Das Coronavirus wurde von dem italienischen Volleyballclub Power Volley Milano dorthin gebracht, der an den Spielen des CEV Challenge Cup 2019–20 teilnahm, die am 4. und 5. März auf der Insel Saaremaa stattfanden.[9][10]