Edward Joseph Flanagan (geboren am 13. Juli 1886 im County Roscommon in Irland; gestorben am 15. Mai 1948 in Berlin) war ein amerikanischer katholischer Geistlicher.
Father Flanagan war Gründer der Organisation Boys Town (deutsch: „Jungenstadt“), einer der bekanntesten amerikanischen Jugendhilfeeinrichtungen. Gründungsort und Sitz der Einrichtung ist der Ort Boys Town, ein Vorort von Omaha im amerikanischen Bundesstaat Nebraska und ein Zentrum für hilfebedürftige Kinder und Jugendliche.