Der Einzeller des Jahres wird von der Deutschen Gesellschaft für Protozoologie bestimmt.
Im Mai 2007 hat die Deutsche Gesellschaft für Protozoologie auf einer Tagung in Salzburg erstmals einen Einzeller des Jahres gewählt. Mit ihrer Wahl wollten die Wissenschaftler darauf aufmerksam machen, dass die große Gruppe der Einzeller eine wichtige Rolle für die Ökosysteme der Erde spielt. Mit Ausnahme 2008 wurden seither jährlich Einzeller des Jahres ernannt.