Eugen Habermann (* 7. Oktoberjul. / 19. Oktober 1884greg.[1] in Tallinn; † 22. September 1944 in der Ostsee) war ein estnischer Architekt. Er kam bei seiner Flucht aus Estland ums Leben, als das deutsche Transportschiff Moero, beladen mit Verwundeten und estnischen Flüchtlingen, von sowjetischen Flugzeugen am 22. September 1944 in der Ostsee bei Ventspils (dt. Windau) versenkt wurde.