Eugene Merle Shoemaker (* 28. April 1928 in Los Angeles, USA; † 18. Juli 1997 bei Alice Springs, Australien), auch Gene Shoemaker, war ein US-amerikanischer Geologe, Impaktforscher und Astronom. Bekannt wurde er als Mitentdecker und Namensgeber des Kometen Shoemaker-Levy 9 (mit seiner Frau Carolyn Shoemaker und David H. Levy).