Der elfte Wettbewerb um den FDGB-Fußballpokal fand in der Spielzeit 1961/62 statt, die sich wegen der Spielplanumstellung auf den Herbst-Frühjahr-Rhythmus über 18 Monate erstreckte.
Der Pokalwettbewerb 1961/62 begann am 19. Februar 1961 mit einer Vorrunde, die nach territorialen Gesichtspunkten gelost wurde, an der aus der Saison 1960 die 15 Bezirkspokalsieger und 39 Mannschaften aus der II. DDR-Liga (Tabellenplatz sieben abwärts) teilnahmen. In der 1. Hauptrunde kamen aus der Saison 1960 die beiden Absteiger aus der DDR-Oberliga, die Mannschaften aus der DDR-Liga (ohne Aufsteiger) und die restlichen Vertreter der drittklassigen II. DDR-Liga dazu. Alle Pokalrunden wurden im K.-o.-System ausgetragen, deren Spiele bei Gleichstand nach der regulären Spielzeit durch Verlängerung und gegebenenfalls durch ein Wiederholungsspiel entschieden wurden.
Die Mannschaften der DDR-Oberliga stiegen mit der 3. Hauptrunde in den Pokalwettbewerb ein. Dort schied mit der BSG Aktivist Schwarze Pumpe der letzte Bezirksvertreter aus, aber auch die Oberligisten Turbine Erfurt, Lokomotive Stendal und Motor Zwickau kamen nicht in das anschließende Achtelfinale. Für das Sechzehner Feld hatten sich noch fünf Mannschaften aus der I. DDR-Liga qualifiziert, von denen Vorwärts Cottbus, Dynamo Hohenschönhausen und der SC Potsdam das Viertelfinale erreichten, dort aber allesamt ausschieden. Die Vorjahresfinalisten Motor Jena und Empor Rostock kamen bis in das Halbfinale, wo sie dann an Chemie Halle bzw. Dynamo Berlin scheiterten.