Der 13. Wettbewerb um den Fußball-FDGB-Pokal fand in der Saison 1963/64 statt.
Der Pokalwettbewerb 1963/64 begann wie im Vorjahr mit einer Vorrunde, die am 24. Juli 1963 startete und nach territorialen Gesichtspunkten gelost wurde. An dieser nahmen aus der Saison 1962/63 die 15 Bezirkspokalsieger, 65 Mannschaften aus der mittlerweile abgeschafften II. DDR-Liga (ohne Staffelsieger) und die beiden Staffelletzten der DDR-Liga teil. In der 1. Hauptrunde stießen die restlichen 29 Vertreter der aktuellen DDR-Ligasaison (ohne Wolgast) sowie die beiden Staffelvorletzten der DDR-Liga aus der Vorsaison hinzu.
Die 14 Oberliga-Teams spielten ab der 3. Hauptrunde mit, in der Wismut Aue, Turbine Erfurt und der SC Karl-Marx-Stadt gleich ausschieden.
Neben elf Oberligisten bestand das Achtelfinale aus vier Mannschaften der DDR-Liga und Empor Neustrelitz als letztem Bezirkspokalvertreter. Die Neustrelitzer schieden nach einer Heimniederlage gegen SC Motor Jena mit 1:2 aus, ebenso wie der letztjährige Pokalfinalist Chemie Zeitz, der beim SC Aufbau Magdeburg mit 0:2 unterlag. Von den DDR-Ligisten kam nur die ASG Vorwärts Neubrandenburg in das Viertelfinale.
Im Viertelfinale kam dann das Aus für Neubrandenburg durch eine hohe 2:7-Niederlage beim SC Leipzig. Der SC Leipzig schaltete anschließend im Halbfinale auch den Pokalsieger des vergangenen Jahres Motor Zwickau mit einem 3:2-Auswärtssieg nach Verlängerung aus. Als zweiter Finalist qualifizierte sich der SC Aufbau Magdeburg mit einem 3:2 gegen den SC Motor Jena.