Die Fauna Puerto Ricos ist, ähnlich wie die Fauna anderer Inselarchipele, reich an endemischen Arten.[1] Fledermäuse sind die einzigen noch lebenden einheimischen Landsäugetiere Puerto Ricos. Alle anderen heute vorkommenden Landsäugetiere, wie Katzen, Kleine Mungos, Hausziegen und Schafe, wurden durch den Menschen eingeführt. Im zum Archipel gehörenden Meer leben zudem noch Delphine, Rundschwanzseekühe und Wale. Von den 349 Vogelarten brüten um die 120 auf dem Archipel, 47,5 % der Arten wurden nur selten oder sogar nur als Irrgäste nachgewiesen. Das vermutlich bemerkenswerteste und berühmteste Tier Puerto Ricos ist der Höhlen-Pfeiffrosch oder Coqui,[2] eine kleine endemische Froschart, die eine der 85 Arten der Herpetofauna darstellt. In den Süßgewässern gibt es keine einheimischen Fische, allerdings einige vom Menschen eingeschleppte Arten. Der größte Teil der vorkommenden Arten sind Wirbellose.
Die Ankunft der ersten Menschen vor 4000 Jahren, und in noch größerem Maße die der Europäer vor 500 Jahren, hatte einen starken Einfluss auf die puerto-ricanische Fauna.[3] Jagd, Habitatzerstörung, und die Einführung nicht heimischer Arten führte zum Aussterben beziehungsweise lokalen Aussterben einiger Arten. Naturschutz- und Arterhaltungsbestrebungen, besonders die für die Puerto-Rico-Amazone, begannen in der zweiten Hälfte des 20. Jahrhunderts. Im Jahr 2002 gab es 21 gefährdete Wirbeltierarten (zwei Säugetiere, acht Brutvögel, acht Reptilien, sowie drei Amphibien).[4]