Franz Joseph Ruprecht (* 1. November 1814 in Freiburg im Breisgau, Großherzogtum Baden; † 23. Julijul. / 4. August 1870greg. in Sankt Petersburg; auch Franz Josef geschrieben, russisch Франц Иванович Рупрехт/Franz Iwanowitsch Ruprecht) war ein k. k. österreichischer Botaniker in russischen Diensten. Sein botanisches Autorenkürzel lautet „Rupr.“