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Gaston Eugène Marie Bonnier (* 9. April 1853 in Paris; † 30. Dezember 1922 ebenda) war ein französischer Botaniker. Sein offizielles botanisches Autorenkürzel lautet „Bonnier“. Sein Vater lehrte an der Juristischen Fakultät von Paris, wie sein Großvater mütterlicherseits dies auch tat.