Der Gouverneur der Freigrafschaft Burgund (1477–1674), dann der Franche-Comté (1674–1789) war der mit großen Vollmachten ausgestattete Militärkommandant der Region. Die Freigrafschaft erlebte nur vier offizielle Gouverneure, von denen drei Stellvertreter ernannten, da sie nicht in der Freigrafschaft lebten. Diese stellvertretenden Gouverneure nahmen die Vollmachten tatsächlich wahr.[1] Sie wurden im Allgemeinen unter den mächtigsten Herren der Region ausgewählt.[2]
Mit der Eingliederung der Freigrafschaft in Frankreich und dem Ansteigen der königlichen Macht, nahm die ihre Bedeutung kontinuierlich ab, bis nur noch die Repräsentationsfunktion übrig blieb und die letzten Gouverneure dann auch nicht mehr in der Provinz residierten.