Habitattrennung, auch Habitatfragmentierung (lateinisch fragmentum ‚Bruchstück‘) oder Lebensraumzerschneidung, bezeichnet in der Biologie einen Umweltveränderungsprozess, der einen entscheidenden Einfluss auf Evolution und Biodiversität hat und andererseits für Artenschwund verantwortlich ist. Es handelt sich dabei um eine Aufspaltung des Lebensraums von Tier- oder Pflanzenarten mit der Folge, dass ein genetischer Austausch zwischen den entstehenden Teillebensräumen unterbunden wird. Habitattrennung wird einerseits durch geologische oder klimatische Prozesse wie Grabenbrüche oder Vergletscherungen verursacht, andererseits aber auch durch menschliche Aktivitäten wie Rodungen und Verkehrswegebau. Im ersten Fall spricht man auch von geographischer Isolation, im zweiten von anthropogenen Einflüssen. Die klimatisch-geologischen Prozesse, die über einen langen Zeitraum eine Isolation von Teilpopulationen bewirken, gelten als entscheidende Voraussetzungen bei der Artbildung wie auch für alle Aussterbewellen. Diese Prozesse können einmalig (wie Megafluten,[1][2][3][4][5] Megavulkaneruptionen), wiederholt oder dynamisch wechselnd auftreten.[6] Nur bei der letzten Aussterbewelle kann eine Mitwirkung des Menschen vermutet werden. In ähnlicher Weise wirken die auch als Landschaftszerschneidung bezeichneten, meist wesentlich rascheren Veränderungen durch menschliche Einflüsse, welche oft als Ursache für das Aussterben vieler Arten betrachtet werden müssen.
Die Verinselung von Festlandhabitaten bzw. deren Zerschneidung führt zu abnehmenden Habitatgrößen und zunehmender Isolation der Arten. Habitatfragmentierung und Habitatverlust steigern Extinktionsraten und gehören mit zu den Hauptgründen für den lokalen, regionalen und globalen Diversitätsverlust.