Fünf Kilometer südlich von Deggendorf mündet die Isar in die Donau. Die frühere Ausprägung als typischer Gebirgs- und Voralpenfluss mit breitem, sich ständig verlagerndem Flussbett, ausgedehnten Schotterbänken und verzweigten Flussarmen weist sie nur noch in einzelnen Bereichen des Oberlaufs auf. Nach der Donau, dem Inn und dem Main ist die Isar mit ihrem größtenteils in Bayern liegenden Einzugsgebiet von 8964,57 km²[2] der viertgrößte Fluss dieses Bundeslandes.
Der wichtigste Nebenfluss ist die in Moosburg zufließende Amper, gefolgt von der in Wolfratshausen mündenden Loisach.
↑Pegelwert Plattling vermehrt um den Gebietsabfluss des Resteinzugsgebietes (6,9 l/s.km² auf 262,19 km²), ermittelt für das Zwischeneinzugsgebiet der Pegel Pfelling (Donau), Haberkofen (Ödbach), Deggendorf (Kollbach), Wallersdorf (Reißingerbach), Plattling (Isar), Auerbach (Hengersberger Ohe) und Hofkirchen (Donau)