Jakob Messikommer (* 18. August 1828 in Wetzikon; † 23. August 1917 ebenda) war Landwirt und Dichter. 1858 entdeckte er im Robenhauser Riet Überreste einer Pfahlbausiedlung. Bis Ende der 1880er Jahre leitet er zahlreiche archäologische Grabungen in der Ostschweiz. 1893 ernannte ihn die Universität Zürich zum Ehrendoktor für seine Verdienste um die prähistorische Forschung.
Jakob Messikomer war ab 1858 in erster Ehe mit Barbara Wismer verheiratet; nach deren Tod ging er 1861 eine zweite Ehe mit Babette Barbara Mäder ein; aus beiden Ehen hatte er mehrere Kinder, zu denen auch der spätere Auktionator und Kunsthändler Heinrich Messikommer zählte.