John Thompson Nixon (* 31. August 1820 in Fairton, Cumberland County, New Jersey; † 28. September 1889 in Stockbridge, Massachusetts) war ein US-amerikanischer Jurist und Politiker. Zwischen 1859 und 1863 vertrat er den Bundesstaat New Jersey im US-Repräsentantenhaus; anschließend wurde er Bundesrichter am Bundesbezirksgericht für den Distrikt von New Jersey.