Der Begriff Kirchentheorie ist ein seit Beginn des 20. Jahrhunderts verwendeter Begriff für ein spezifisches theologisches Selbstverständnis von Kirche hinsichtlich ihrer Organisationsgestalt und funktionalen Aufgaben. Der Begriff hat dabei verschiedene Umdeutungen erfahren.
In den aktuellen Diskussionen um das Bild und das Selbstverständnis von evangelischen Kirchen erlebt der Begriff der Kirchentheorie in bewusster Abgrenzung zur Ekklesiologie erneut eine Neuinterpretation durch die Vernetzung mit anderen wissenschaftlichen Disziplinen wie Betriebswirtschaft, Organisationslehre, Geographie oder Soziologie.