Die Klosterkirche St. Martin ist das Kirchengebäude des Klosters Muri, einer ehemaligen Benediktinerabtei in Muri im Kanton Aargau (Schweiz). Sie ist dem Heiligen Martin von Tours geweiht und steht im Winkel zwischen Kreuzgang und Ostflügel. Kloster und Klosterkirche sind zusammen ein Kulturgut von nationaler Bedeutung.
Die Kirche entstand Mitte des 11. Jahrhunderts im romanischen Stil, rund drei Jahrzehnte nach der Klostergründung durch die Habsburger. Aus dieser Zeit erhalten geblieben sind der Unterbau der zwei Kirchtürme, die Mauern des Querschiffs und des Chors sowie die Krypta. Brände und Plünderungen im 14. Jahrhundert hatten grosse Schäden zur Folge und führten zu einer allmählichen Anpassung der Bausubstanz an die Gotik.
Im Auftrag von Abt Plazidus Zurlauben und nach Plänen des Baumeisters Giovanni Battista Bettini wurde das Kirchenschiff zwischen 1694 und 1697 durch ein barockes Oktogon ersetzt. Auf diese Weise entstand der grösste Kuppelzentralbau der Schweiz. Zwischen 1743 und 1750 erhielt die Klosterkirche den grössten Teil ihrer heutigen Ausstattung im Rokoko-Stil. Nach der Aufhebung des Klosters im Jahr 1841 blieb die Kirche fast ein Jahrzehnt lang ungenutzt. Ab 1850 verwendete die römisch-katholische Kirchgemeinde Muri sie für Gottesdienste, 1941 ging das Gebäude in ihren Besitz über. Die Klosterkirche verfügt über fünf Orgeln (die älteste aus dem Jahr 1630), weshalb hier häufig Konzerte durchgeführt werden.