Unter einem Komma versteht man in der Musiktheorie ein kleines Intervall (wesentlich kleiner als ein Halbton), das sich als Differenz unterschiedlicher Kombinationen reiner Intervalle ergibt. Der Begriff steht in enger Beziehung zu den Stimmungssystemen. Beim Versuch, eine möglichst große Anzahl musikalisch verwendbarer Töne und Intervalle zu gewinnen, werden stets ein oder mehrere Kommata ausgeglichen.
Besonders wichtig sind das pythagoreische und das syntonische Komma. Das pythagoreische Komma wird anschaulich im Quintenzirkel: Die Aneinanderreihung von 12 reinen Quinten führt oktaviert zu einem Ton, der geringfügig höher ist als der Ausgangston. Das syntonische Komma ist der Unterschied der reinen und pythagoreischen Terz: Die Aneinanderreihung von 4 reinen Quinten führt oktaviert zu einem Ton, der geringfügig höher ist als der Ton im Abstand einer reinen Terz.