Das Lateinische Patriarchat von Konstantinopel entstand 1204 als Folge der Eroberung von Konstantinopel durch den Vierten Kreuzzug und benutzte zunächst die Hagia Sophia als seine Kathedrale. In Rom wurde der Petersdom dem Lateinischen Patriarchen von Konstantinopel als Patriarchalbasilika zugeordnet.
Französische Kreuzfahrer, unterstützt durch die Republik Venedig, errichteten das Lateinische Kaiserreich und vertrieben den orthodoxen Patriarchen von Konstantinopel.
Nach der Rückeroberung der Stadt durch Michael VIII. Palaiologos und dem Ende des Lateinischen Kaiserreichs im Jahr 1261 bestand das Patriarchat der Lateiner kirchenrechtlich fort, obschon ihm sein Einnahmesprengel und das eigentliche Jurisdiktionsgebiet abhandengekommen war, nicht aber verstreute auswärtige Besitztürmer. Am 8. Februar 1314 vereinigte Papst Clemens V. das Konstantinopler (Kreuzfahrer-)Patriarchat mit dem Bistum Negroponte, das damit zur Patriarchaldiözese des „patriarcha Constantinopolitanus“ wurde.
Im Gefolge der Union von Florenz wurde unter dem Ökumenischen Patriarchen Gregor Melissenus das Kreuzfahrer-Patriarchat (Negroponte) rechtlich mit dem griechischen Patriarchat vereinigt. Dessen mit Rom unierter Zweig wurde zunächst mit weiteren Griechen, Bessarion und Isidor von Kiew, jedoch ab Pietro Riario regelmäßig mit lateinischen Prälaten besetzt, um den Anspruch der römisch-katholischen Kirche auf diesen altehrwürdigen Patriarchatssitz des christlichen Ostens aufrechtzuerhalten. In Konstantinopel wurde der katholische Patriarch durch einen ortsansässigen Vicarius vertreten.
Seit 1948 wurde das zuletzt noch als Ehrentitel vergebene Amt nicht mehr besetzt und im Jahr 1964 zusammen mit den anderen Lateinischen Patriarchaten – mit Ausnahme des Lateinischen Patriarchats von Jerusalem – im Verlauf des II. Vatikanischen Konzils und auf Basis einer zwischen Papst Paul VI. und dem orthodoxen Patriarchen von Konstantinopel Athinagoras getroffenen Übereinkunft aufgelöst.