Die Höhlen von Lene Kici liegen etwa zwei Kilometer vom osttimoresischen Ort Tutuala (Verwaltungsamt Tutuala, Gemeinde Lautém) entfernt an der Ostspitze der Insel Timor. Sie befinden sich alle in einer aus dem Meer emporgehobenen Korallenkalksteinterrasse, in der auch die Höhle Lene Hara liegt.[1] Die Terrasse ist nicht sehr hoch und die Tunneleingänge werden durch den Sekundärwald gut versteckt. Während der indonesischen Besatzungszeit (1975–1999) nutzten Kämpfer der FALINTIL die Höhlen als Versteck, ebenso lokale Familien 1999, um sich vor den pro-indonesischen Milizen zu verbergen.[2]