Manius Aquillius († 88 v. Chr. in Pergamon) war ein der plebejischen Nobilität entstammender Politiker der Römischen Republik. 101 v. Chr. amtierte er als Konsul und beendete den zweiten Sklavenkrieg auf Sizilien, hetzte später zum Krieg gegen König Mithridates VI. von Pontos, unterlag diesem aber und wurde von ihm grausam hingerichtet.